Aan het hoofd van FaSam staat een manager. Deze is eindverantwoordelijk voor de dienstverlening door FaSam en is belast met de dagelijkse leiding en de doorontwikkeling van FaSam binnen De Werkmaatschappij en richting andere departementen. De afdelingen Services, Projecten, Beheer en de Stafafdeling worden elk geleid door een afdelingshoofd. De afdeling Beveiliging en bedrijfshulpverlening wordt geleid door twee operationeel managers. De beveiligingscoördinator valt hiërarchisch onder de manager FaSam, maar wordt functioneel aangestuurd door de beveiligingsambtenaren van de ministeries van Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties en Justitie.
